GeneDock与CDC共建云平台,大数据力挺传染病防控

【数据猿导读】 据悉,企业级基因数据云计算平台GeneDock(聚道科技)近日与中国疾病预防控制中心(中国 CDC)传染病预防控制所合作开发的微生物数据分析云平台已正式上线开放,将用大数据深耕传染病防控

GeneDock与CDC共建云平台,大数据力挺传染病防控

企业级基因数据云计算平台GeneDock(聚道科技)与中国疾病预防控制中心(中国CDC)传染病预防控制所合作开发的微生物数据分析云平台(以下称“云平台项目”)已于今日正式上线开放。

云平台项目由中国疾控中心传染病预防控制所发起,主要是为了提升传染病领域大数据的利用效率,实现高通量测序技术在病原菌检测和监测工作中的标准化应用,让非专业人员也可以快速、准确、方便地开展生物信息分析,鉴定样本微生物的组成和基因组特征,并尽快开展后续的深入研究和信息挖掘。

“传染病防控领域与人类健康息息相关,对数据利用的时效有较高的要求,同时需要不同城市的部门和实验室之间实现数据共享和交互,以及标准化的数据分析流程,云计算为打通这些环节提供了可能性。”传染病预防控制所项目负责人张雯说,“我们希望可以通过微生物分析平台的建设,促进国内疾控数据的交互,推动高通量测序技术在国内病原菌检测和监测工作中的有效利用。”

首期云平台项目发布了6个不同的生物信息分析流程,可实现NGS数据的质量控制、基因预测、进化分析、蛋白注释等功能。平台的web前端目前可支持至少100位用户同时并行操作,80个分析作业的并行进行。弹性的平台设计支持未来对计算和存储资源的无限扩展。

值得关注的是,云平台项目开发过程中出现了一些预料之外的状况:例如,传统的数据存储和云平台存储方式具有较大差异;由于疾控领域信息的敏感性,对数据安全和用户账户权限的严格分级控制都具有很高的要求;实验室过去编写和部署流程没有比较统一的标准和环境等。针对这些问题,双方最终确定了如下系统架构:

“平台主要向CDC系统的各级科研和卫生防疫人员提供可视化的微生物数据分析流程。我们已经合作将微生物领域所需的基因数据分析流程迁移到平台上,包括传染病预防控制所专家们自主研发的最新算法和分析流程。GeneDock的基因数据云服务在底层全面支撑这些重要业务。”GeneDock首席技术官王乐珩说。

另据介绍,GeneDock团队在云平台项目中应用的关键数据技术,包括在安全方面,平台在数据传输和存储过程中全面应用了数字签名、金融级加密等工业级技术;新设计的企业级母子账户权限系统,满足科研用户对珍贵基因数据的控制和分享需求;在数据传输方面,GeneDock独有的基因数据压缩算法和传输系统,提高数据传输的效率;另外,GeneDock提供了分析流程配置工具,方便生物信息学家研发新的分析流程。


来源:36氪

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